Das Konzept der Wissenschaftsstadt ist als ständiger Prozess angelegt, der immer wieder neue Impulse braucht, immer wieder neu gestaltet und weiterentwickelt werden muss. Mit dem Masterplan Wissenschaftsstadt wurde 2009 der nächste Schritt der Entwicklung vollzogen. Zwischen allen beteiligten Akteueren wurde eine Vereinbarung getroffen, die in sieben Leitzielen den Rahmen absteckt, in dem das Areal innerhalb des Berliner Rings auf dem Oberen Eselsberg gemeinsam weiterentwickelt werden soll.  Die Akteure in der Wissenschaftsstadt treffen sich im Umsetzungsteam Masterplan mehrmals im Jahr, um sich hinsichtlich der zahlreichen geplanten, laufenden Vorhaben und Maßnahmen abzustimmen.

Neben der Neuen Chirurgie und weiterer Forschungseinrichtungen, wie dem Helmholtz-Institut oder dem Forschungsbau Lebenswissenschaften geht es aktuell darum, der Wissenschaftsstadt urbanen Charakter zu geben. Boulevard, Wohnen, Dienstleistungen, Einkaufen, Anbindung und Erschließung durch eine Straßenbahnlinie sind hier die Themen. Diese Entwicklung wird der Wissenschaftsstadt neue Impulse geben, die sie auch weiterhin braucht.

Aus diesem Grund befindet sich der Masterplan Wissenschaftsstadt in der Überarbeitung und Aktualisierung durch das Büro KCAP aus Zürich. Inhaltlich geht es dabei vor allem um die Auseinandersetzung mit den Themen der Urbanisierung durch die Straßenbahnlinie 2, die Verdichtung entlang der Achse Albert-Einstein-Allee, Infrastruktur, Gastronomie, die Versorgung mit Gütern des täglichen Bedarfs
sowie darum, an geeigneten Orten durch die Entwicklung von Wohnbauflächen eine Nutzungsmischung zu etablieren.