Gögglingen wurde 1092 mit einem "Bertoldus de Goggelingen" erstmals urkundlich erwähnt. Er war mit dem jenseits der Donau angrenzenden Ulmer Territorium durch eine - wegen der Zolleinnahmen - wichtige Brücke verbunden. Der Ort gehörte dem Kloster Wiblingen. Durch die von Napoleon eingeleitete Neugliederung fiel Gögglingen zusammen mit Wiblingen zunächst an Bayern und 1810 an Württemberg.

Donaustetten wurde 1194 urkundlich erstmals erwähnt. Es gehörte seit dem frühen Mittelalter zum Kloster Wiblingen und unterstand der Schutzherrschaft der Grafen Fugger-Kirchberg. Erst im 18. Jahrhundert gewann das Kloster Wiblingen und damit auch Donaustetten unter österreichischer Landeshoheit mehr Bewegungsfreiheit und auch erweiterte Befugnisse in der Verwaltung der Gemeinde. 1806 fiel Donaustetten wie Gögglingen an Bayern, 1810 an Württemberg.

Seit der Eingemeindung nach Ulm im Jahre 1974 gilt in Gögglingen und Donaustetten das Ulmer Ortsrecht. Mit der eingeführten Ortsverfassung besteht ein verhältnismäßig hohes Maß an Selbständigkeit, die ihren Ausdruck in einer örtlichen Verwaltung - der Ortsverwaltung für Gögglingen und Donaustetten -, geleitet von Ortsvorsteher Markus Mendler, findet.

Im Jahre 1989 schlossen sich die Ortschaften Gögglingen und Donaustetten zusammen und haben seither einen gemeinsamen Ortschaftsrat.